如果只是想要使用两个不同的DocumentRoot，那就不用同时运行两个apache，只需要配两个VirtualHost就可以；如果要使用不同的端口（如80/8080），可以是Listen 8080，然后再配一个对应8080端口的VirtualHost
如果你是想要同时使用两个版本apache或是php，只有apache放在两个不同目录，启动端口不冲突就可以同时启动；
关于php你可以在编译php时，分别指定php.ini位置(./configure --with-config-file-path=你的php.ini位置）
至于my.ini跟apache运行几个实例没有关系，你只需要在php连不同的mysql就可以了。